微波化學(xué)反應(yīng)器利用微波能量對物質(zhì)進行加熱，其工作原理如下：

微波是一種波長極短的電磁波，具有高頻率。自然界的微波分散不集中，不能作為能源。而微波化學(xué)反應(yīng)器中的磁控管可以將電能轉(zhuǎn)變?yōu)槲⒉ǎ悦棵?450MHz的振蕩頻率穿透介質(zhì)。當(dāng)介質(zhì)具有合適的介電常數(shù)和介質(zhì)耗損時，便會在交變得電磁場中發(fā)生高頻振蕩，使能量在介質(zhì)內(nèi)部積蓄起來。

對于化學(xué)反應(yīng)而言，微波加熱可同時產(chǎn)生熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)。微波加熱的特點包括：快速加熱，能以光速在物體中傳播，瞬間將微波能轉(zhuǎn)換為物質(zhì)的熱能；快速響應(yīng)能力，能快速啟動、停止及調(diào)整輸出功率；加熱均勻，里外同時進行加熱；選擇性加熱，介質(zhì)損耗大的，加熱后溫度高，反之亦然；加熱效率高，被加熱物自身發(fā)熱，沒有熱傳導(dǎo)過程，周圍的空氣及加熱箱沒有熱損耗；加熱滲透力強，透熱深度可達幾厘米到十幾厘米。

在微波化學(xué)反應(yīng)器中，家用微波爐磁控管的功率輸出通常是基本固定的，較小功率依靠改變電流的通/斷時間來實現(xiàn)。通過微電腦對電流通/斷的嚴(yán)格定時控制，選擇相同的工作狀況可以獲得重復(fù)的化學(xué)反應(yīng)條件。

不同的物質(zhì)吸收微波的能力不同，其加熱效果也各不相同，這主要取決于物質(zhì)的介質(zhì)損耗。例如，四氟乙烯等非極性材料吸收微波的能力較弱，但在金屬表面會被反射。